Pesantren, yang di Minangkabau disebut surau, di Madura disebut penyantren, di Jawa Barat disebut pondok, dan di Aceh dikenal sebagai rangkang, paling tidak mempunyai tujuh ciri penting yang sekaligus merupakan elemen dasarnya, yaitu:

1. Pondok, yang merupakan asrama khusus yang sederhana, tempat tinggal para santri, terutama santri mukim dan santri kelana.
2. Masjid, tempat melangsungkan aneka kegiatan, baik yang bersifat keagamaan maupun yang sifatnya umum: pengajaran, pendidikan, tempat pertemuan, aktivitas budaya dan administrasi, latihan pidato, mengaji Al-Qur’an, dan sebagainya.
3. Pengajaran kitab-kitab Islam klasik atau kitab kuning, yang tujuan utamanya adalah mendidik calon-calon ulama yang memahami dan menguasai benar-benar ilmu-ilmu keagamaan tradisional seperti tafsir, hadits, fiqh, ushul fiqh, nahwu sharaf, tawhid, tasawwuf, tarikh Islam, dan lain-lain.
4. Santri (murid), baik yang berasal dari daerah yang cukup jauh sehingga harus mondok atau menetap di asrama-asrama yang disediakan (santri mukim) maupun yang datang dari lingkungan sekitar pesantren itu sendiri yang biasanya tidak tinggal menetap di pondok melainkan Cuma bolak-balik tiap hari belajar (santri kalong). Selain itu adalagi yang disebut santri kelana  yang mencari ilmu dengan mengembara dan berguru dari satu kiai atau pesantren ke kiai atau pesantren lain.
5. Kiai, pemimpin pesantren dalam arti luas, yang biasanya merupakan pula tokoh pendiri, sekaligus sebagai sumber atau pemegang kekuasaan dan kewenangan dalam lingkungan kehidupan pesantren.
6. Sistem pengajaran yang khas, ada dua yakni: (1). Sistem sorogan (Jawa: menyodorkan) yang bersifat individual: santri menghadap kiai, seorng demi seorang, dengan membawa kitab yang akan dipelajarinya. Dan (2). Sistem weton (balaghan; metode kuliah) yang bersifat kolektif atau berkelompok dalam kelas-kelas. Yaitu, kiai di hadapan santri-santrinya yang memegang kitabnya masing-masing, membacakan kata per kata, kalimat demi kalimat, lalu menerjemahkannya, menerangkan arti atau menjelaskan maksudnya, sementara para santri hanya mengikuti, mendengar atau menyimak kitabnya sendiri-sendiri sembari mencatat atau menandai dengan kode tertentu pada kertas atau buku catatannya.
7. Tujuan utama pendidikannya yang lebih bersifat spiritual (kebahagiaan akhirat) ketimbang material atau pemujaan yang berlebih kepada kekuasaan, kebendaan atau keduniaan; mempertinggi moral (budi pekerti), dan semangat; dan membina pribadi-pribadi mandiri; serta berupaya untuk tidak membatasi perhatian dan cara berpikir santri, melainkan mendorongnya untuk mengembangkan minat dan keahlian di bidang ilmu tertentu setelah menguasai kitab-kitab elementer.[1]